副本一向是ARPG类游戏的经典玩法，3D动作手游《魔霸三国》更是围绕这一系统进行了大量的优化改良。
《魔霸三国》中的副本由剧情战役和精英BOSS组成，击败他们之后即可获得金币，宝物等副本奖励。同时，每场战斗都有三个难度评级，每完成一个难度可以获得一颗五角星。当五角星累计到一定数量可以通过开启宝箱获得额外奖励。
需要注意的是，在《魔霸三国》的副本设定中，存在着物理免疫或者魔法免疫的敌人，比如下面这队曹兵:
为了应对这一情况，快速通关。就需要大家在进副本之前安排好出场武将，来对付这些具有免伤BUFF的敌人。
每个副本中共有6个关卡和3个精英BOSS，全部击败后可以进入下一副本，当然下一章的难度也会有所增加，大家可以通过提升武将的等级和装备宝物来增强战力。继而击败这些强大的敌人。
